Jurusan Kimia FMIPA Universitas Mulawarman menaungi 5 laboratorium:
1. Laboratorium Kimia Analitik
2. Laboratorium Kimia Anorganik
3. Laboratorium Kimia Fisika
4. Laboratorium Kimia Organik
5. Laboratorium Biokimia

terdapat pula Laboratorium Kimia Dasar yang berada pada naungan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam.