Program Studi Sarjana Kimia FMIPA Unmul didirikan pada tahun 2001 dengan Ijin dari Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi dengan SK No. 2811/D/T/2001 tanggal 30 Agustus 2001. Penigkatan status UP. FMIPA menjadi Fakultas MIPA yang didalamnya terdapat PS Kimia terlaksana pada tahun 2006 dengan SK No.1344/D/T/2006 tanggal 17 April 2006.

Penyelenggaraan PS Kimia diperpanjang izinnya pada tahun 2008 dengan SK No. 1128/D/T/2008 tanggal 23 April 2008. Program Studi Sarjana Kimia mendapat penilaian dari BAN PT yang pertama kali pada Tahun 2008 dengan peringkat B (skor 337) dengan SK BAN PT No. 020/BAN-PT/Ak-XI/S1/VIII/2008  tanggal 29 Agustus 2008. Kemudian PS Kimia direakreditasi pada tahun 2014 dengan hasil Peringkat B dengan SK BAN PT No. 119/SK/BAN-PT/Akred/S/V/2014 tanggal 03 Mei 2014.

Selanjutnya Program Studi Kimia Program Magister Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Mulawarman didirikan dengan SK Izin Operasional Nomor 23/KPT/I/2016 yang ditandatangani oleh Sekjen Kemenristek DIKTI, pada 20 Januari 2016. Program Studi Magister Kimia mendapat penilaian dari BAN PT yang pertama kali pada Tahun 2018 dengan peringkat C dengan SK BAN PT No. 2915/SK/BAN-PT/Akred/M/X/2018 .